HBV-DNA是乙型肝炎病毒复制的核心部分，如果患者血清中检测到HBV-DNA，则表示乙型肝炎病毒处于复制活跃期。有的患者HBeAg转阴，但HBV-DNA仍为阳性，此时乙型肝炎病毒仍在体内繁殖，切不可忽视，有时可能是病毒株发生变异，常规检测手段无法查到e抗原的存在，而血液中的HBV-DNA却能够查到。因此，目前临床检测HBV-DNA作为反映乙型肝炎病毒复制状态的非常有效的指标之一。