蛋白质根据它们所含氨基酸的种类和分量不同，可分为完全蛋白质和不完全蛋白质两大类。完全蛋白质含有全部主要氨基酸，大多来源于动物性食品(大豆中的蛋白质也是完全蛋白质)。不完全蛋白质是指蛋白质里缺乏某种氨基酸，或者分量不够维持健康和人体正常发育的需要，如植物性食物中的玉米类蛋白质等。

蛋白质还有单纯蛋白质和结合蛋白质的区别。单纯蛋白质包括白蛋白、球蛋白类(广泛存在于血浆、乳类、豆类、蛋类中)，谷蛋白、醇溶谷蛋白类(存在于谷类、豆类、种子中，是重要的植物蛋白)，鱼精蛋白、组蛋白类(与核酸结合而成核蛋白．是动物细胞核中的主要成分)，硬蛋白类(广泛存在于骨、肌腱、韧带、毛发、皮肤等组织中)。

结合蛋白质包括核蛋白(是构成细胞核和病毒的主要成分)，色蛋白(存在于血红蛋白、肌红蛋白、黄酶、细胞色素氧化酶中)，糖蛋白(存在于骨、肌腱、黏液中，此类蛋白质有黏合与保护作用)，脂蛋白(主要存在于血浆、细胞膜中)，磷蛋白(存在于乳类、卵黄、脑组织中)。