引起胎儿心脏大血管发育畸形的原因是多方面的。目前认为有关的因素有：

(1)胎儿发育环境的因素：以子宫内病毒感染最为重要，其中又以风疹病毒感染最为突出，其次为柯萨奇病毒感染。母亲如在妊娠初3个月内患风疹，则所产的婴儿患先心病者较多，因为胎儿心脏大血管的发育在妊娠第2～3个月中形成，而此时子宫内病毒感染足以影响到胎儿心脏发育之故。其他如羊膜的病变、胎儿受压、妊娠早期先兆流产、母体营养不良、糖尿病、苯酮尿、高血钙和细胞毒性药物在妊娠早期的应用等，都有使胎儿发生先天性心脏病的可能。

(2)早产：早产儿患心室间隔缺损动脉导管未闭者较多，前者与心室间隔在出生前无足够时间完成发育有关，后者与早产儿的血管收缩反应在出生后还不够强有关。出生时体重在2500克以下者尤易患先天性心脏病。

(3)遗传因素：在一个家庭中．兄弟姐妹同时或父母子女同时有先天心脏病，以及不少染色体异常的遗传因素存在。遗传学的研究认为，多数的先天性心脏病是多个基因与环境因素相互作用所形成。但父母亦不必太内疚，第二个婴儿发生先天性心脏病的患病率是2％～5％。这个数字虽说在于一般人群，但还是很低的。不过，如第二个孩子又有先天性心脏病，则第i次妊娠的患病率就较高，估计在20%一50％。

(4)高原因素：高原地区动脉导管未闭和心房间隔缺损较多。高原氧分少气压低是主要因素。